Το όνομα Κύθηρα (Τσιρίγο) έχει βαθιά στην ιστορία τις ρίζες του. Ο Όμηρος το αναφέρει στο επικό του έργο, την Ιλιάδα, ενώ η θεά Αφροδίτη, η θεά του Έρωτα, ταυτίζεται με το νησί και παίρνει το όνομα Κυθέρεια (Ακύθηρος λεγόταν ο στερούμενος θέλγητρων άνθρωπος). Και άλλοι όμως σπουδαίοι συγγραφείς της αρχαιότητας αναφέρονται στο νησί με το όνομα Κύθηρα. Ανάμεσα σε αυτούς είναι ο Ηρόδοτος, ο Διόνυσος, ακόμα και ο Αριστοτέλης (που παραδέχεται ότι το νησί λεγόταν Πορφυρούσα - λόγω της επεξεργασίας πορφύρας - αλλά στις μέρες του λεγόταν Κύθηρα) και ο Ξενοφώντας (στα Ελληνικά του χρησιμοποιεί τον όρο Κυθηρία γη).
Ο Ισίδωρος (γεωγράφος του Α΄ μ.Χ. αιώνα) υποστήριξε μια "ανατρεπτική" άποψη, ότι δηλαδή το νησί έλαβε το όνομά του από την Κυθέρεια Αφροδίτη και όχι το αντίστροφο. Μάλιστα, μίλησε πρώτη φορά για τη σημασία του ρ. κεύθω και τη σχέση του με τη θεά και το νησί. Κεύθω σημαίνει κρύβω τον έρωτα, ενώ εκείνοι που κάνουν έρωτα στο νησί (στο μέρος εκείνο, δηλ. τα Κύθηρα), ανακαλύπτουν το κρυμμένο ερωτικό πάθος. Η ονομασία του νησιού συναντάται στον πληθυντικό ίσως από την ύπαρξη και των διπλανών Αντικυθήρων.
Ποια η σχέση όμως των δύο προσωνυμιών του νησιού, Κύθηρα και Τσιρίγο; Ύστερα από μελέτες και έρευνες φαίνεται ότι τα δύο παραπάνω ονόματα έχουν σχέση αλληλεπίδρασης, δηλαδή είτε ότι η μια ταυτίζεται με την άλλη είτε ότι η μια δημιουργεί την άλλη.
Έχει ενδιαφέρον να αναφερθεί ότι στην Κύπρο υπάρχει περιοχή Κυθραία ή Κύθρα, όπου βρέθηκαν αγάλματα της θεάς Αφροδίτης, ενώ η κοινή ονομασία της περιοχής είναι Τζυρκά.
Μυθολογία
Η γέννηση της Αφροδίτης στα Κύθηρα, σύμφωνα με τη μυθολογία, υπήρξε το γεγονός εκείνο που καθόρισε και τη μετέπειτα πορεία του νησιού. Σύμφωνα με τη Θεογονία του Ησίοδου, η Αφροδίτη γεννήθηκε στους αφρούς της θάλασσας των Κυθήρων, όταν έπεσαν σε αυτήν τα αποκομμένα από τον Κρόνο γεννητικά όργανα του πατέρα του Ουρανού. Τα κύματα παρέσυραν, σύμφωνα με αυτήν την εκδοχή του μύθου, στη συνεχεία τη θεά, η οποία έφθασε στην Πάφο της Κύπρου, όπου επίσης λατρεύτηκε ως θεά προστάτης του νησιού.
Από τα Κύθηρα φέρεται να έχει και την προσωνυμία Κυθέρεια η Αφροδίτη, η οποία λατρεύτηκε στην αρχαιότητα με τρεις μορφές. Ως Ουρανία, θεά – προστάτης της αγάπης και του αγνού έρωτα, με κύριο τόπο λατρείας τα Κύθηρα. Ως Πάνδημος, θεά – προστάτης του σαρκικού έρωτα και της αναπαραγωγής με κύριο τόπο λατρείας την Κύπρο. Και τέλος, με τη λιγότερο γνωστή μορφή, ως Αποστρόφια, θεά που διασφάλιζε την ηθική τάξη και προστάτευε τη σύζυγο και τα παιδιά, που αναφέρεται ότι λατρεύτηκε στη Θήβα και αλλού. Η ίδρυση από τα πολύ πρώιμα χρόνια ναού της θεάς στα Κύθηρα έδωσε και στο νησί τον ομηρικό χαρακτηρισμό ζάθεα, δηλαδή πανάγια.
Η ανάδυση της θεάς από τη θάλασσα των Κυθήρων είναι σημειολογικά μια προσπάθεια των αρχαίων, σύμφωνα με τους ειδικούς στην Παλαιοντολογία, να ερμηνεύσουν την ανάδυση του νησιού από τη θάλασσα. Αυτό αποδεικνύεται από τον πλούσιο αριθμό παλαιοντολογικών ευρημάτων, που έχουν προέλευση τη θαλάσσια ζωή, σε εκτεταμένες περιοχές των Κυθήρων, στα Μητάτα και τα Βιαράδικα